Bucle de ADN por dos proteínas de unión a 5-metilcitosina cuantificadas usando dispositivos nanofluídicos

MeCP2 y MBD2 son miembros de una familia de proteínas que poseen un dominio que selectivamente se une a la 5-metilcitosina en un contexto CpG. Miembros de la familia interactúan con otras proteínas para modular el empaquetamiento del ADN. Estiramiento de complejos de ADN-proteína en Los canales nanofluídicos con una sección transversal de unas pocas longitudes de persistencia permiten nosotros para sondear el grado de compactación de las proteínas.
* En el artículo "Bucle de ADN por dos proteínas de unión a 5-metilcitosina cuantificadas utilizando dispositivos nanofluídicos "Ming Liu, Saeid Movahed, Saroj Dangi, Hai Pan, Parminder Kaur, Stephanie M. Bilinovich, Edgar M. Faison, Gage O.
Leighton, Hong Wang, David C. Williams Jr. y Robert Riehn demuestran la compactación del ADN mediante MeCP2 mientras que MBD2 no afecta la configuración del ADN.
Mediante el uso de la fuerza atómica microscopía (AFM), determinaron que el mecanismo de compactación por MeCP2 es la formación de puentes entre tramos de ADN distantes y la formación de bucles. * A pesar de compartiendo un dominio de unión al ADN específico similar, el impacto de la longitud completa Las proteínas de unión a 5-metilcitosina pueden variar drásticamente entre fuertes compactación de ADN y ningún impacto discernible a gran escala de la unión a proteínas. los Los autores del artículo demuestran que el MBD2 marcado con ATTO 565 es un buen candidato como agente de tinción para mapeo epigenético.
* Para atómica microscopía de fuerza (AFM), los autores utilizaron un sustrato de ADN lineal de 7,163 pb que contiene una región rica en CpG metilada de 1.697 pb que está flanqueada por 2.742 pb y Regiones libres de CpG de 2.724 pb. Para MeCP2, el sustrato de ADN y la proteína fueron diluido en tampón de imagen AFM (HEPES 20 mM, Mg (OAc) 210mM, NaCl 100mM, pH 7.5), mezclados y depositados en mica recién pelada.
Para MBD2FLsc, los autores describe cómo primero mezclaron la proteína y el ADN y luego diluyeron la muestra en tampón AFM antes de la deposición. La concentración final de MeCP2 depositada en la mica fue de 7,5 nM y la concentración de MBD2FLsc fue de 14 nM.
Las muestras de mica fueron luego se lava con agua desionizada filtrada y se seca con nitrógeno. * Se utilizaron sondas NANOSENSORS ™ PointProbe® Plus PPP-FMR AFM (≈2.8N / m) para obtener imágenes de la muestra con una resolución de escaneo de 5.
9 nm y una velocidad de escaneo de 3 μm / s. * Figura 6 de "Bucle de ADN por dos proteínas de unión a 5-metilcitosina cuantificadas usando dispositivos nanofluídicos" por Ming Liu et al .: Microscopía de fuerza atómica (AFM) de sustratos metilados en diversas condiciones.
AFM de oligómero dsDNA metilado desnudo a, el mismo oligómero con MBD2Flsc b, y con MeCP2 c. Las barras de escala son de 200 nm. Las flechas verdes apuntan a los extremos, y las flechas cian apuntan a los bucles.
El recuadro en d ilustra el método de conteo para los bucles. La distribución del número de extremos libres (d) y la distribución del número de bucles (e) para los complejos de ADN o ADN-proteína se determinó a partir de tales imágenes (ADN desnudo N = 118, MBD2FLsc N = 98, MeCP2 N = 108). f Altura de los cruces de ADN-ADN aislados (ADN desnudo N = 52, MBD2FLsc N = 68, MeCP2 N = 83) * Ming Liu, Saeid Movahed, Saroj Dangi, Hai Pan, Parminder Kaur, Stephanie M.
Bilinovich, Edgar M. Faison, Gage O. Leighton, Hong Wang, David C.
Williams Jr. y Robert Riehn Bucle de ADN por dos proteínas de unión a 5-metilcitosina cuantificadas usando dispositivos nanofluídicos Epigenética y cromatina volumen 13, número de artículo: 18 (2020) DOI: https://doi.org/10.
1186 / s13072-020-00339-7 Siga este enlace externo para leer el artículo completo: https://rdcu.be/b3iTm Acceso abierto: el artículo "Bucle de ADN por dos proteínas de unión a 5-metilcitosina cuantificadas mediante dispositivos nanofluídicos" por Ming Liu, Saeid Movahed, Saroj Dangi, Hai Pan, Parminder Kaur, Stephanie M. Bilinovich, Edgar M.
Faison, Gage O. Leighton, Hong Wang, David C. Williams Jr.
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